臭氧在水處理中的主要作用是氧化分解有機物，降低COD。臭氧將大分子有機物降解為小分子有機物，再將小分子有機物降解為水和二氧化碳，輔以其它方法，使得有機物的去除更加經濟有效。

制藥廢水處理設備臭氧發生器的臭氧-生物活性炭工藝，是目前水深度處理的成熟工藝，集活性炭物理吸附、臭氧化學氧化、生物降解和臭氧滅菌功能于一體，這個過程分為臭氧前干預和臭氧后干預。在前臭氧干預中，主要作用是殺滅藻類，提高絮凝效果，初步氧化分解水中的大分子有機物和其它還原性物質，從而避免預氯化產生消毒副產物。

在臭氧后介入中，主要作用是氧化有機物（將大分子有機物變為小分子有機物，以利于生物活性炭的后續吸附和降解），殺滅細菌、病毒、病原體等，并且為隨后的活性炭提供足夠的氧源。國內目前的水源特點是水質微污染，而臭氧技術成本低，技術成熟，發展空間大。

制藥廢水濃度高，化學需氧量值高，波動大，毒性高，可生化性差，含鹽量高。制藥廢水處理設備臭氧發生器對制藥廢水有很好的預處理效果，可以將有毒有害物質氧化成生化小分子，再結合生物處理，可以實現效率高處理。

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