在高純度的水系統中，總會擔心微生物在系統中生長。當增長超過系統限制時，產品生產就會迅速停止。控制高純度系統中的細菌的方法之一是使用高純度水處理臭氧發生器作為消毒劑，有效的方法是將臭氧溶解于罐內的高純度水中，然后在將水送入分配循環之前去除臭氧。這種消毒劑功能強，速度快，但是在循環開始時容易生產，也容易清除。按電化學氧化電位(EOP)，臭氧比雙氧水、次氯酸鈉和氣態氯高。有些資料稱，臭氧比氯的速度快2000到3000倍。

其殺傷作用是細胞分裂，導致細胞壁破裂，釋放內毒素，然后進一步氧化。它對所有細菌、病毒、囊腫和孢子都有不同程度的攻擊。所以需要多少臭氧來控制細菌？試驗顯示，在0.008ppm或更高濃度時，臭氧沒有增加。但在大多數情況下，建議罐內殘留0.1至0.2ppm，以便使菌落形成單位低于1CFU/100ml。產生臭氧的方法有幾種。在185納米條件下操作紫外線可獲得低濃度。在水系統中，電暈放電更能產生臭氧。高純度水處理臭氧發生器采用這種方法，空氣或氧氣通過平行的金屬板或同心不銹鋼管之間的縫隙進入。板材或管子中的一種，通常為內管，由電介質(絕緣)覆蓋，可以防止高壓在整個空間產生電弧。這樣就產生了穩定可控的放電，又稱電暈放電。在氧氣通過這個電場的時候，一些氧分子分裂為原子，合成臭氧。