用臭氧消毒飲用水時，沒有對人體有害的殘留物（如用氯消毒致癌的鹵化有機物），因此用自來水廠桶裝水凈化臭氧發生器對提高飲用水的消毒質量非常有效。表面水含有多種有機、無機和細菌和病毒。經過臭氧深度處理后，表面水基本能達到比較好飲用水的標準。

實驗證明，如果水中臭氧濃度為0.4ppm，可以殺死細菌和病毒，滅菌速度比滅菌快。飲用水經過臭氧深度處理后，水質比較好，防止管道中微生物生長，保護人體健康。如果只用紫外線消毒，只能穿過一定厚度的水層，消毒不比較*地，臭氧消毒能比較*地解決問題。

臭氧和紫外線聯合消毒滅菌，效果比任何消毒方法都好，節約了能源。直接用臭氧消毒自來水要簡單得多，臭氧濃度要低得多。但臭氧容易分解，臭氧末端需加少量余氯，防止細菌在供水管道中再次繁殖。臭氧處理水已廣泛應用于國外。臭氧消毒后，池塘水質清澈透明，比較*地解決了氯消毒后刺激性強的眼部和皮膚問題。

臭氧消毒我國一些經濟發達地區的泳池水質，效果好。區域內分質給水、飲用水處理必須用自來水廠桶裝水凈化臭氧發生器消毒滅菌，才能保證飲用水始終處于無菌富氧狀態。臭氧分解后產生氧氣，可提高食用水生物的生存質量，消毒滅菌生存場所。然而，應避免臭氧濃度超過0.1毫克/升，這對水生物有害。