次氯酸鈉是強堿弱酸鹽，易溶于水。它的水溶液是一種廣泛使用的消毒劑。次氯酸鈉作為一種強力消毒劑，用于污水處理時，其水溶液的滅菌效果與氯消毒產生的滅菌效果相當。用氯消毒會導致鹵化，氯會被有機物消耗掉，但不會消耗次氯酸鈉。與氯相比，次氯酸鈉的制備、運輸和儲存相對更安全，泄漏不會對操作人員和生態環境造成直接危害。次氯酸鈉的滅菌原理是次氯酸鈉的固體溶于水，在一定的溶解度和溫度下水解生成次氯酸，次氯酸進一步分解生成新的氧氣。新生態氧的強烈氧化會使細菌和病毒的蛋白質變性，導致病原微生物死亡。

次氯酸鈉相對容易制備，作為消毒劑具有良好的消毒效果和安全性。同時，當高濃度次氯酸鈉的溶解溶液在管道中流動時，也有助于溶解管道中的沉積物，清洗管道。所以現在很多自來水廠購買自來水消毒次氯酸鈉投加系統，選擇次氯酸鈉作為自己水體的消毒劑。

根據國家飲用水標準，自來水管網末端自來水余氯含量不得超過0.5mg/L，自來水廠可設置兩個次氯酸鈉投加點。前者氯化主要是消除氨氮、藻類、有害細菌等，而后者加氯是為了保證工廠自來水在管道輸送過程中能繼續保持良好的消毒效果。前后氯化系統設有兩個次氯酸鈉溶液儲罐，次氯酸鈉溶液交替加入，可達到良好的消毒效果。

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