在整個池塘中，動物糞便、水中的毒餌和一些細菌都會影響生物的生命安全，因此需要有一個滅菌系統。氯消毒是一種落后的、威脅生命的消毒方法，在一些地區仍在使用，造成海洋生物死亡和巨大的經濟損失。目前世界上*水族館養殖水消毒方法，既有臭氧的滅菌作用，又能殺滅病毒，能有效防止傳染病的傳播。實驗表明，相同濃度的臭氧對細菌和病毒的殺滅效果是氯的600~3000倍。

水族箱水滅菌凈化用臭氧發生器是*的綠色消毒劑，對環境無二次污染。而氯制劑與水中的有機物質發生反應，可產生多種氯化有機化合物，均為*的致癌物。

氯化物、氯氣等有毒物質在水中蒸發，在水池中難以分散，對人體呼吸器官造成傷害，嚴重影響人體健康，而臭氧不會造成這個問題。臭氧是一種強氧化劑，能有效分解水中的腐殖質，氧化水中的鐵、錳離子，分解水中散射光的微生物，從而大大提高了水的透明度，使其呈現美麗的藍色，而氯制劑則沒有這一點。

臭氧發生器的使用可以大大降低水處理工藝管理和運行的難度，而臭氧發生器安全性高，氯氣制備在運輸、儲存和使用中存在一定的風險。

水族箱水滅菌凈化用臭氧發生器，能分解水中有機物，對有機物有微絮凝作用。因為有機化合物在氧化過程中容易變成多極化合物，能與鈣、鎂、鐵、鋁等多價金屬陽離子結合形成絡合物，使沙子出來。臭氧不僅可以幫助過濾金屬鹽和有機物，還能使綠色的水自然變藍變亮。